En la temporada 2006/07 el Atlético de Madrid se fijó en el herculano debido a su asentamiento en Segunda con tan sólo 20 años.
En un principio iba a realizar el año junto al filial, pero la buena pretetemporada llevada a cabo por el alicantino le permitió entrar en los planes del primer equipo.
 El Atlético hizo efectiva su claúsula de rescisión que rondaba los 300.000 euros, y le fichó hasta el año 2011.

En el Atlético posee el dorsal nº 19 ya que nació en un 19 de junio.

 Grave lesión:

Miguel se estaba convirtiendo en una de las revelaciones del conjunto rojiblanco en la pretemporada de 2006 y Aguirre, que estaba encantado con él, le daba minutos y confianza.

Pero desgraciadamente cayó lesionado de gravedad durante la pretemporada el 13 de agosto de 2006 en el Estadio de Riazor mientras se disputaba el tercer y cuarto puesto del Trofeo Teresa Herrera que enfrentaba al Atlético y al Nacional tras una dura entrada de Jorge Brítez. Miguel abandonó el campo en el minuto 64, entrando en su lugar Maxi Rodríguez.

Sufrió una fractura luxación del tobillo izquierdo, además de dañarse el ligamento lateral interno, lo que le ha mantenido alejado de los terrenos de juego más de un año. Fue operado en la Clínica Santa Teresa, de La Coruña.

Debido a esta lesión no ha podido cumplir de momento su máximo sueño, el cual es debutar en la Primera Divisón.

2007/08

A finales de agosto de 2007 el Benfica se interesó por la evolución de su lesión con pensamiento de incorporarlo a su plantilla, lo cual no fructificó finalmente.

El 12 de diciembre de 2007, debutó en competición oficial con el Atlético de Madrid. Se produjo en el estadio Escribano Castilla de Motril ante el Granada 74, en un partido correspondiente a los dieciseisavos de ida de la Copa del Rey. El alicantino necesitó 486 días para jugar un partido oficial, sustituyó a Forlán en el inicio del segundo tiempo.